Η δυναστεία των Τσινγκ επωφελήθηκε από την εξέγερση και το χάος στην κινεζική αυτοκρατορία και κινήθηκε νότια. Μέχρι το 1673 είχαν ολοκληρώσει την κατάκτηση της Κίνας και συνέχισαν να επεκτείνονται φέρνοντας το Σιντζιάνγκ (新疆 - Xīn Jiāng) και την Ταϊβάν υπό την κυριαρχία τους.
Οι Σαολίν δεν αναμείχθηκαν σε αυτόν τον πόλεμο και όταν οι Μαντσού πήραν την εξουσία δεν αντιστάθηκαν. Όμως, ως πνευματικό κέντρο της Κίνας, οι Σαολίν προσέφεραν βοήθεια και υποστήριξη σε όσους τη ζήτησαν. Αυτό είχε σαν αποτέλεσμα να γίνει ακούσια ένα ασφαλές καταφύγιο για τους αγωνιστές της αντίστασης. Πολλοί πιστοί στρατιώτες των Μινγκ και ευγενείς προσπάθησαν να βρουν καταφύγιο και βοήθεια στο Σαολίν και παρόλο που οι ίδιοι οι μοναχοί παρέμειναν παθητικοί και μη βίαιοι, συνέχιζαν να προστατεύουν τον ναό τους και τους ανθρώπους εκεί. Αυτό ήταν ένα αγκάθι για την πλευρά των εισβολέων. Έτσι, μόλις διευθετήθηκαν όλες οι μεγάλες περιοχές, η αντίσταση και οι συγκρούσεις, το αγκάθι έπρεπε να βγει.
Περί το 1647 οι Μαντσού επιτέθηκαν στον ναό Σαολίν και τον κατέστρεψαν. Μεγάλα στρατεύματα, οπλισμένα με κανόνια και άλλα εκρηκτικά κατεδάφισαν μεγάλο μέρος του ναού, σκότωσαν όποιον έμενε εκεί και έκαψαν πολλά αρχεία. Όσοι Σαολίν σώθηκαν πήγαν στο Φου Τζιέν (福建 - Fú Jiàn), αλλά το γεγονός αυτό οδήγησε με τη σειρά του στο να γίνει εκεί επίθεση και να καταστραφεί και ο ναός Φου Τζιέν.
Οι Μαντσού δεν ήθελαν να μείνει επάνω στα ερείπια κανένα σύμβολο αντίστασης. Το Σαολίν έπρεπε να καταστραφεί και στο μυαλό όλων όσοι το γνώριζαν. Απαγόρευσαν την πρακτική κάθε πολεμικής τέχνης σε ολόκληρη την Κίνα (ο νόμος αυτός εξακολουθεί να ισχύει σε εθνικό επίπεδο).
Πολλοί μοναχοί Σαολίν σκοτώθηκαν, ωστόσο, κάποιοι κατάφεραν να διαφύγουν. Ορισμένοι κατέφυγαν σε άλλους ναούς, αλλά οι περισσότεροι μετανάστευσαν σε ανατολικές και δυτικές χώρες για να μην προκαλέσουν ό, τι συνέβη στο Φου Τζιέν. Κάποιοι συνέχισαν την αντίστασή τους και δίδαξαν Κουνγκ Φου με μοναδικό σκοπό να αγωνιστούν και να νικήσουν τους Μαντσού. Άλλοι έγιναν απλοί, ανώνυμοι πολίτες.